Plant or fungal sequences? An alternative optimized PCR protocol to avoid ITS (nrDNA) misamplification

摘要

Os espaçadores internos transcritos do DNA nuclear ribossomal (ITS1 e ITS2) de folhas de Drosera (Droseraceae) foram amplificados com o emprego de iniciadores universais. A análise demonstrou que a maior parte das amostras continha uma mistura resultante de amplificações não-específicas. Dentre as sequências de DNA obtidas, duas delas foram de fungos basidiomicetos. Sequências homólogas foram obtidas do GenBank e analisadas junto às sequências obtidas de folhas de Drosera. Através das análises filogenéticas de máxima parcimônia foi possível identificar uma seqüência como sendo de um Ustilaginomycetes e outra de Heterobasidiomycetes (Basidiomycota). Possivelmente esses organismos estavam associados às folhas de Drosera e assim não sejam resultantes de contaminação. Com o objetivo de otimizar e buscar uma melhor especificidade das reações de PCR, um protocolo bem sucedido foi demonstrado com o uso de dimetilsulfóxido (DMSO) e soroalbumina bovina (BSA).